если бы выехали не своевременно - на ВЫЕЗде из Украины и были бы проблемы.

конечно, нельяз исключать,Ч то если было нарушение в прошлом, за которое не привлекались к овтетственности или не понесли наказание - при новом въезде эта информация может быть у таможенников в доступе. но это уже не более чем спекуляции о том, что в приницпе может случиться в жизни неприятного.

и кстати, а после последнего пересечения молдавской (ПМР) границы - куда Вы направились? как в последний раз покинули Украину? выехали из Одесской области? в ПМР? и дальше куда? в объезд Украины оказались в России?
вряд ли. Наверное , Вы и покинули в последний раз Украину как раз через росс-укр границу, через ту же Нехотеевку-Гоптовку, возможно (раз Вы планируете заезжать в У. из России). а значит, при выезде к Вам не было претензий. так как укр. таможенники видели: машина была в последний раз ввезена из ПМР и вовремя вывозится. а что было до этого их вряд ли и интересовало.

Да, вообще-то таможенники не любят, когда вывозят не через тот пункт пропучка, что ввозили, потому что так им неудобнее работать. И иногда они нагло требуют, чтобы вывозили именно через этот же пункт, якобы это ваша обязанность.
Но отнюдь не запрещено вывозить через другой пункт. когда возникают такие претензиии - въехали в одном пункте выезжаете сейчас через другой - "так нельзя" - требуйте письменный отказ в пропуске автомоблиля, со ссылками на законодателдьство, требуйте старшего смены, запишите личные данные, звоните демонстративной по тел. доверия таможни
, имея распечатку нужных телефонов

http://www.rossiane.narod.ru/sov_ros.htm

Но Вы же, въехав через Гоптовку, без проблем выезжали из Украины в Одесской области?

если Вы когда-то в прошлом без проблем, без нарушений, вовремя выезжали из Украины, даже через иной пункт

и теперь
и снова въезжаете в Украину- они не будут озабочены вопросом - а правильно ли и своевременно ли вы раньше покидали Украину.